La Familia Michoacana fue instaurada como una organización religiosa, que retomó el fundamentalismo católico de Jesucristo y donde se emulaba pasajes bíblicos estableciéndose incluso a los Doce Apóstoles.
José de Jesús Méndez Vargas, también conocido como El Pastor o Médico, era originario de El Aguaje, Michoacán, y era considerado desde 2006 como líder y fundador de la organización junto con Nazario Moreno, alias El Chayo, quién oficialmente murió en un enfrentamiento con la Policía Federal el 9 de diciembre del 2010 que por cierto esto fue mentira, pero eso es otra historia.
El Chango Méndez inició sus actividades delictivas a finales de los noventa por invitación de Carlos Rosales Mendoza, alias El Tísico, quien fue detenido en 2004 e identificado como líder de un grupo regional en Michoacán que trabajaba en coordinación con Armando Valencia Cornelio,
Entre las primeras actividades delictivas de Méndez, estuvieron la compra y venta de grandes cantidades de marihuana, que traficaba a Reynosa, Tamaulipas y era ingresada a Estados Unidos.
En 2000, Rosales Mendoza rompió relaciones con armando Valencia Cornelio, quien fue detenido en 2003.
En respuesta, Carlos Rosales Mendoza fundó a la organización delictiva conocida como La Empresa, formada por dos grupos operativos, dirigidos por Méndez Vargas y Nazario Moreno.
Además creó una alianza con Osiel Cárdenas Guillén, líder del Cártel del Golfo” con la finalidad de expulsar a Los Valencia de Michoacán, lo que provocó diversos homicidios en Jalisco hasta 2003. Derivado de lo anterior, El Chango fue asignado a Tamaulipas por Carlos Rosales para asumir el control del trasiego de droga de la organización criminal.
Tras la detención de Osiel Cárdenas en 2003 y de Carlos Rosales Mendoza en 2004, Méndez Vargas regresó a Michoacán, e inicia junto con Nazario Moreno González la distribución de las plazas en Michoacán, con la finalidad de empezar a disminuir la presencia y control que mantenía el Cártel del Golfo y su brazo armado Los Zetas en la entidad que últimamente cometían muchos secuestros, violaciones, robos y asesinaban solo por asesinar, cosa que no le parecía al Chango ni a El Chayo.
En 2006, Méndez y Moreno dieron a conocer públicamente a la organización denominada La Familia a través de mensajes que dejaban junto a víctimas mutiladas.
A partir de 2007, La Familia bajo las dos vertientes estructurales, encabezadas por Méndez Vargas y Moreno González, iniciaron su expansión a Guanajuato, Estado de México, Guerrero, Colima y Jalisco, manteniendo presencia en Baja California y Tamaulipas.
El Chango Méndez controlaba las plazas de Uruapan, Apatzingán, Los Reyes, La Ruana, Buenavista, Tancítaro, Sahuayo, Peribán y Cotija, en Michoacán y en diversas comunidades en las zonas limítrofes entre Michoacán y Jalisco, así como parte de Guerrero y el control en el Estado de México.
En 2008, El Chango y Nazario Moreno, rompieron su alianza con el cártel del Golfo-Zetas, por incumplimiento de diversos acuerdos establecidos, el trato que tenían para la población y la lucha por la plaza del puerto de Lázaro Cárdenas, Michoacán.
Tras la muerte de Moreno González, asumieron por ordenes del mismo Chayo el control de esa vertiente Enrique Plancarte Solís y Servando Gómez Martínez.
En enero de 2011, Méndez Vargas en un intento por asumir el control de La Familia, y en desacuerdo con las actividades realizadas por Plancarte Solís y La Tuta, se da un rompimiento entre estos dos grupos delictivos.
En marzo de 2011, Gómez Martínez y Plancarte Solís, a través de pancartas, dan a conocer la organización denominada Los Caballeros Templarios y públicamente manifiestan una guerra contra el grupo que dirige Méndez Vargas.
Tras la presión ejercida a los principales operadores de El Chango Méndez mediante amenazas a muerte a los familiares estos, deciden cambiarse al grupo de Los Caballeros Templarios.
En de mayo se dieron diversos enfrentamientos en Michoacán entre los grupos controlados por El Chango Méndez al frente de La Familia y Enrique Plancarte Solís.
El Chango convocó a una reunión el 27 de mayo de 2011, en el poblado de Las Lomas, Jalisco, con el resto de sus operadores, lugar en el que la Policía federal implementó un fuerte operativo donde fueron detenidos 40 presuntos integrantes de su grupo delictivo, entre los que destacan cinco jefes operativos.
Estas detenciones generaron líneas de investigación que permitieron la detención de Méndez Vargas, en Aguascalientes, cuando viajaba en compañía de cuatro acompañantes de su cuerpo de seguridad.